Ćwiczenia 1 - instalacja oprogramowania

Bartosz Kozak

Instrukcja

  • Podane przykłady odnoszą się do instalacji oprogramowania na komputerach z systemem GNU/Linux
  • Sugeruję użycie dystrybucji Ubuntu lub opartej na Ubuntu (najlepiej najnowsza wersja LTS)
  • W przypadku komputerów z systemem MacOS zalecam wykorzystanie narzędzia Homebrew (zamiast conda)
  • Teoretycznie można wykorzystać program Bash on Ubuntu on Windows (dla osób z zainstalowanym systemem Windows 10 64 bit), nie daję jednak gwarancji, że programy będą działały poprawnie

Conda

  • Pobrać skryp instalacyjny https://conda.io/miniconda.html (sugeruję wersję 3+)
  • Uruchomić skrypt w terminalu
    bash Anaconda-latest-Linux-x86_64.sh
    
  • Postępować zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w terminalu
  • Sprawdziś poprawność instalacji
    conda list
    
  • Powinna wyświetlić się lista z zainstalowanymi pakietami

Bioconda

  • Dodać potrzebne oprogramowanie
    conda   config  --add   channels    r
    conda   config  --add   channels    conda-forge
    conda   config  --add   channels    bioconda
    

Instalacja oprogramowania Cufflinks

Instalacja oprogramowania HISAT2 aligner

Instalacja oprogramowania SubRead