Ćwiczenia 1 - instalacja oprogramowania

Bartosz Kozak

Instrukcja

  • Podane przykłady odnoszą się do instalacji oprogramowania na komputerach z systemem GNU/Linux
  • Sugeruję użycie dystrybucji Ubuntu lub opartej na Ubuntu (najlepiej najnowsza wersja LTS)
  • W przypadku komputerów z systemem MacOS zalecam wykorzystanie narzędzia Homebrew (zamiast conda)
  • Teoretycznie można wykorzystać program Bash on Ubuntu on Windows (dla osób z zainstalowanym systemem Windows 10 64 bit), nie daję jednak gwarancji, że programy będą działały poprawnie

Conda

  • Pobrać skryp instalacyjny https://conda.io/miniconda.html (sugeruję wersję 3+)
  • Uruchomić skrypt w terminalu
    bash Anaconda-latest-Linux-x86_64.sh
    
  • Postępować zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w terminalu
  • Sprawdziś poprawność instalacji
    conda list
    
  • Powinna wyświetlić się lista z zainstalowanymi pakietami

Bioconda

  • Dodać potrzebne oprogramowanie
    conda   config  --add   channels    r
    conda   config  --add   channels    conda-forge
    conda   config  --add   channels    bioconda
    

Instalacja oprogramowania SAR

Instalacja oprogramowania FastQC

Instalacja oprogramowania Trimmomatic

Instalacja oprogramowania Cutadapt

Instalacja oprogramowania Bioawk

Instalacja oprogramowania Samtools

Instalacja oprogramowania Sequence Toolkit: seqtk

Instalacja oprogramowania The BWA Aligner

  • Instalacja
    conda   install -y  bwa
    
  • Test poprawności instalacji
    bwa
    

Instalacja oprogramowania Bowtie Sequence Aligner

_ Opis http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml (zalecam używanie wersji bowite2)

Instalacja oprogramowania TopHat

  • Wymaga wcześniejszego zainstalowania Bowtie2
  • Instalacja
    conda   create  -n  tophat  python=2
    cd  ~/src
    curl    -kO https://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz
    tar xzvf    tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz
    export  PATH=~/src/tophat-2.1.0.Linux_x86_64:$PATH
    # wyświetla programy wchodzące w skład pakietu tophat
    ls  ~/src/tophat-2.1.0.Linux_x86_64
    
  • Test poprawności instalacji
    tophat  -h
    

Instalacja oprogramowania Cufflinks

Instalacja oprogramowania HISAT2 aligner

Instalacja oprogramowania SubRead