Ćwiczenia 1 - instalacja oprogramowania

Bartosz Kozak

Instrukcja

Podane przykłady odnoszą się do instalacji oprogramowania na komputerach z systemem GNU/Linux
Sugeruję użycie dystrybucji Ubuntu lub opartej na Ubuntu (najlepiej najnowsza wersja LTS)
W przypadku komputerów z systemem MacOS zalecam wykorzystanie narzędzia Homebrew (zamiast conda)
Teoretycznie można wykorzystać program Bash on Ubuntu on Windows (dla osób z zainstalowanym systemem Windows 10 64 bit), nie daję jednak gwarancji, że programy będą działały poprawnie

Conda

Pobrać skryp instalacyjny https://conda.io/miniconda.html (sugeruję wersję 3+)
Uruchomić skrypt w terminalu
```
bash Anaconda-latest-Linux-x86_64.sh
```
Postępować zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w terminalu
Sprawdziś poprawność instalacji
```
conda list
```
Powinna wyświetlić się lista z zainstalowanymi pakietami

Bioconda

Dodać potrzebne oprogramowanie

conda   config  --add   channels    r
conda   config  --add   channels    conda-forge
conda   config  --add   channels    bioconda

Instalacja oprogramowania SAR

Opis https://github.com/ncbi/sra-tools
Instalacja
```
conda   install -y  sra-tools
```

Test poprawności instalacji

fastq-dump  -h

fastq-dump  -X  5   -Z  SRR390728

Instalacja oprogramowania FastQC

Opis http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
Instalacja
```
conda   install -y  fastqc
```
Test poprawności instalacji
```
fastqc  -h
```

Instalacja oprogramowania Trimmomatic

Opis http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
Instalacja
```
conda   install -y  trimmomatic
```

Uruchamianie

java    -jar    ~/src/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jar

Instalacja oprogramowania Cutadapt

Opis http://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/index.html
Instalacja
```
conda   install -y  cutadapt
```
Test poprawności instalacji
```
cutadapt    -h
```

Instalacja oprogramowania Bioawk

Opis https://github.com/lh3/bioawk
Instalacja
```
conda   install -y  bioawk
```
Test poprawności instalacji
```
bioawk
```

Instalacja oprogramowania Samtools

Opis http://www.htslib.org/
Instalacja
```
conda   install -y  samtools
```
Test poprawności instalacji
```
samtools
```

Instalacja oprogramowania Sequence Toolkit: seqtk

Opis https://github.com/lh3/seqtk
Instalacja
```
conda   install -y  seqtk
```
Test poprawności instalacji
```
seqtk
```
lub
```
seqtk   seq
```

Instalacja oprogramowania The BWA Aligner

Instalacja
```
conda   install -y  bwa
```
Test poprawności instalacji
```
bwa
```

Instalacja oprogramowania Bowtie Sequence Aligner

_ Opis http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml (zalecam używanie wersji bowite2)

Instalacja

mkdir ~/scr/
cd  ~/src

curl    -OL http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.2.9/bowtie2-2.2.9-linux-x8
6_64.zip
unzip   bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip
export  PATH=~/src/bowtie2-2.2.9:$PATH

lub (Ubuntu i dystrubucje oparte na Ubuntu)

sudo apt-get install bowtie2

Test poprawności instalacji
```
bowtie2
```

Instalacja oprogramowania TopHat

Wymaga wcześniejszego zainstalowania Bowtie2

Instalacja

conda   create  -n  tophat  python=2
cd  ~/src
curl    -kO https://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz
tar xzvf    tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz
export  PATH=~/src/tophat-2.1.0.Linux_x86_64:$PATH
# wyświetla programy wchodzące w skład pakietu tophat
ls  ~/src/tophat-2.1.0.Linux_x86_64

Test poprawności instalacji
```
tophat  -h
```

Instalacja oprogramowania Cufflinks

Opis http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/
Instalacja
```
conda   install -y  cufflinks
```

Instalacja oprogramowania HISAT2 aligner

Opis https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml
Instalacja
```
conda   install -y  hisat2
```
Test poprawności instalacji
```
hisat2
```

Instalacja oprogramowania SubRead

Opis http://bioinf.wehi.edu.au/subread-package/
Instalacja
```
conda   install -y  subread
```
Test poprawności instalacji
```
featureCounts
```